עגנון משתומם על אלוהים. גיבוריו מתרוצצים באימה ובייאוש, מבקשים לצעוק אל בוראם. האם יש מי ששומע אותם? האם יש בכלל טעם למעשיהם? כך קורא עמוס עוז את עגנון ואת יצירותיו, כסיפור מתסכל של בני-אדם הנבוכים אל מול מעשיו של אלוהים ואינם מבינים כלל את תכלית קיומם. עגנון לפי עוז עומד מול השמים עמידה שיש בה גם כיסופים ואהבה וגם תדהמה ומיאוס. עגנון וגיבוריו שואלים, בלא מענה, את שאלות היסוד - מהו חטא ומהי אשמה? האם אין דין, האם יש דיין?
עמוס עוז מעיין בשלוש מן החשובות ביצירות ש"י עגנון - "תהילה", "סיפור פשוט" ו"תמול שלשום" - קורא אותן באהבה ובפליאה, ברגישות ובעמקות, ומוצא פנים חדשות ומפתיעות בסיפורים המוכרים.
שתיקת השמים הוא עיון מפתיע, מרתק ואישי מאוד ביצירות עגנון.
עמוס עוז הוא ממעריציו הגדולים של ש"י עגנון, והוא עוסק זה שנים רבות בהוראת יצירותיו ובעיון מפורט בהן.